一般而言安裝 Eclipse Plugin 最快的方式是透過 Update Site ，也就是先找到要安裝的Plugin所提供的Update Site Url來安裝。
安裝步驟一般為：執行 Eclipse 後，按上方選單的「Help」然後選擇「Install New Software」
之後看到下方的視窗，再按「Add」：
按了「Add」後會出現下方的 Add Repository 視窗，然後在 Name 輸入 Plugin 名稱（可隨便 Key，但建議是輸入有意義的Name)，然後在 Location 輸入 Update Site 的 Url。輸入完畢後按「OK」
待出現下方的選項後，代表 Update Site 的 Url 是正確的，然後選擇要安裝的 Plugin ，下面範例安裝的是「FreeMarker IDE」及「Hibernate Tools」。
上方按下「Next」原則上即會開始安裝 Plugin ，有時候可能會出現 License 的確認視窗，大多狀況只需要按接受 (I Accept)即可。
接下來看一下第二種安裝方式「直接放檔案到 Eclipse 下的 plugin 或 features 資料夾」，這種方式比較簡單，只需要拿到要安裝的 Plugin ，只需要解開後，依序擺放到 plugin 或 features 資料夾，然後重啟 Eclipse 即可。
不管是透過 Update Site 或則放檔案到 plugin or features 都屬於「侵入式」安裝，如果 Plugin 互相衝突需要移掉某一個時，有可能造成移除不全或移除錯誤的風險。Eclipse 有提供另一種更好的安裝方式，即過 Eclipse 下的 dropins 資料夾來安裝。
以安裝 FreeMarker IDE 為例，首先在 dropins 資料夾下產生一個叫「FreeMarkerIDE.link」的文字檔案，內容輸入「path=xxxxx」xxxx 為 plugin 本機擺放的位置，例如是放在「D:\EclipsePlugin\FreeMarkerIDE-1.1.0.v201006011046R-H111-GA」下，那麼內容即為「D:/EclipsePlugin/FreeMarkerIDE-1.1.0.v201006011046R-H111-GA」，並且在FreeMarket....GA 這個資料夾下需再建一層叫「eclipse」資料夾，然後將下載回來的 Plugin 放在這裡面。資料夾結構如下圖
另外因為是非侵入式安裝，也就是說 Eclipse 及 Plugin 可獨立升級(Upgrade)，完全不需要擔心是否會造成檔案版本的問題。
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